L'ADN Y (lignée paternelle)

Lignée masculine

Note : les prix diminuent à chaque année. Ici, ils sont donnés pour comparer, mais le prix, en $US en général, est plus bas.

Les principaux tests

Il existe deux types de tests ADN Y : les STR et les SNP.

Les tests STR sont des tests statistiques, donc des chiffres qui permettent de trouver des correspondances parmi les autres personnes testées. Ce sont des dérives par rapport à un point de départ.

Les tests SNP sont des mesures à des endroits précis du chromosome Y. Ce sont des étapes dans l'historique des mutations du chromosome Y. Le SNP terminal est la mutation la plus récente de votre lignée, à condition de faire le test approprié. Selon le laboratoire utilisé, vous pourriez obtenir un résultat SNP différent, mais en réalité, ce sont des étapes au cours de l'évolution de votre lignée masculine.

Les principaux laboratoires

Le laboratoire FamilyTreeDNA.com (FTDNA) est un des plus anciens laboratoires d'ADN. Il offre des tests à 12, 25, 37, 67 et 111 marqueurs STR, ainsi qu'une base de données de résultats pour fins de comparaison. Certains de ces tests (12 et 25) ne sont disponibles qu'en adhérant à un projet. Il est toutefois préférable de faire un test d'au moins 37 marqueurs afin d'avoir assez de précisions lors des comparaisons. Par exemple, la signature des Fortin et Fortier avec 12 marqueurs peut être identique alors qu'à 37, une distance de 4 les sépare.

Une fois qu'un test STR est complété, un haplogroupe est proposé et on peut alors passer une série de tests SNP (SNP Pack). Par exemple, les groupes de tests SNP M343, P312 et DF27 pourraient être affichés l'un après l'autre dans le profil du client en fonction des résultats précédents. Ces groupes d'environ 100 tests coûtent autour de 99$US à 119$. Le Big Y (plus de 25 000 tests SNP) est aussi disponible. Un test SNP unique coûte 39$.

Pour référence, voici l'année où ces tests STR et Big Y sont apparus.

Test Année Note
Prix (2022)
Y-12 2000 Équivalent du Geno 1, disponible via un projet

Y-25 2001 Disponible comme amélioration de Y-12

Y-37 2003 Test suggéré pour un nouveau client
119 $US
Y-67 2006 Disponible comme amélioration de Y-37
Y-111 2011
249 $US
Big Y 2013 Remplacé par le Big Y-500
Big Y-500 2018 Remplacé par le Big Y-700
Big Y-700 2019
449 $US

Le laboratoire iGenea revend les tests de FTDNA. Sauf le prix et la présence d'une interface francophone, les produits sont similaires à ceux de FTDNA.

Le laboratoire ySeq.net permet de tester un SNP à la fois pour 18$. Auparavant, il faut savoir quel SNP tester, donc partir du SNP terminal trouvé après la batterie de tests d'une autre personne.

Le laboratoire 23andMe et le test Geno2 de National Geographics donnent aussi des résultats d'ADN Y, mais comme résultat secondaire d'un test ADNau. La nomenclature est compatible, mais le SNP terminal pourrait être différent. 23andMe examine 3733 SNPs alors que le Geno2 en annonce environ 20 000. LivingDNA semble produire un test similaire au Geno2.

Le laboratoire AncestryDNA teste 1691 SNPs présentés comme le chromosome 24. Il faut utiliser un autre site web pour avoir les SNP. Par exemple, la routine de Morley indiquera en vert les SNP trouvés (positifs) et en rouge les SNP recherchés mais non trouvés (négatifs), les autres SNP n'étant pas testés selon le fichier de résultats fourni.

Les autres laboratoires ne sont pas recommandés dans le cadre d'un projet généalogique. Certains servent à des fins légales (prouver une paternité) ou médicales et d'autres ont une visibilité régionale, mais n'ont pas de base de données de comparaison. Dans certains cas, le prix du test est plus élevé pour avoir un témoin du prélèvement.

Pour résumer, il est préférable de passer un test YSTR chez FTDNA. Si vous avez utilisé un autre laboratoire et que vous participez à un projet, il est alors recommandé d'envoyer une copie de vos résultats aux administrateurs du projet pour que vos résultats soient utilisés.

Stratégie proposée

Choisissez un projet chez FTDNA et passez à la fois le test YSTR-37 et le test Family Finder.

Triangulation ou convergence

Nous avons indiqué, dans l'introduction, la présence possible d'ÉNP, soit d'un bris quand la lignée documentaire s'écarte de la lignée génétique. Pour réduire la possibilité qu'un ÉNP fasse d'une signature ADN Y celle d'une autre famille, il est important de trianguler. Pour cela, on établit, pour 2 hommes ayant des signatures ADN Y cohérentes, leur lignée documentaire, L'endroit où ces lignées se rejoignent est l'ACPR ou Ancêtre Commun le Plus Récent (MRCA en anglais, pour Most Recent Common Ancestor).

Dans certains cas, il n'est pas possible d'identifier l'ACPR.

Analyse des résultats

Les données sur l'ADN Y sont traitées en plusieurs étapes. FTDNA est un gros laboratoire et ce traitement demande une certaine durée, surtout si le test a été demandé lors d'une vente. Ce traitement comprend la réception de l'échantillon de salive, son traitement (extraction de l'ADN et mesures), puis la comparaison avec les autres résultats de leur base de données.

FTDNA livre 3 groupes principaux d'informations.

L'haplogroupe comprend une lettre suivi d'un SNP proposé. Ce SNP est un type estimé d'après les valeurs YSTR. Dans de rares cas, le contenu du chromosome Y a dérivé et ce SNP est erroné. Voici quelques exemples. La première colonne montre une valeur estimée. La seconde colonne indique une valeur équivalente, parfois utilisée dans la documentation. La colonne suivante résume la région d'origine (sur une longue période) et d'autres généralités sur ce groupe.

Il existe une autre nomenclature (« équivalent » dans le tableau suivant) prenant en compte la séquence des mutations. Le problème est que lorsqu'on décide que telle mutation ne survient pas après telle autre mais après une troisième, le résultat est modifié. Ces équivalents sont donc instables mais on les retrouve souvent dans la documentation rencontrée sur Internet.

Haplogroupe

Équivalent

Commentaire

C-M216

C

Une mutation plus récente (P39) concerne les Amérindiens. Par exemple, certains Cyr d'Acadie sont C-M216, mais un test P39 s'est avéré négatif. L'immigrant venait donc d'Europe et ses ancêtres masculins sont partis d'Asie il y a quelques dizaines de milliers d'années en direction ouest alors qu'une autre branche s'est dirigée vers l'est pour donner une famille amérindienne.

C-P39

C2b1a1a

Amérindiens. Un des groupes identifiant un ancêtre autochtone. Ainsi, Germain Doucet, auparavant présumé fils du pionnier Germain Doucet, est maintenant considéré comme Amérindien.

E-L117

E1b1b1

Ce groupe est fortement présent dans le nord de l'Afrique. On le trouve aussi dans la grande région parisienne (20 à 30% de la population).

G-M201

G

Ce groupe est surtout présent dans la région des Alpes.

I-M253

I1

En France, il s'agirait de descendants des Vikings.

J-M172

J2

En France, autour de 5 à 10% de la population de l'ensemble du pays en fait partie, sauf les lisières nord et est. Ce type est fréquent un peu plus près de l'Italie.

R-M269

R1b

On peut considérer ce groupe comme celui des Celtes ou Gaulois. On le retrouve dans 80% de la population de l'ouest de la France, 50% vers l'intérieur.

Si la personne testée a commandé une recherche plus approfondie (SNP Pack ou Big Y chez FTDNA), on aura alors la même lettre avec un autre SNP terminal, selon la profondeur des tests ou leur nombre. Ainsi, l'auteur du présent document a été identifié comme R-L151 dans le test Geno2, puis comme R-P312 et R-ZZ12_1 suite à deux blocs SNP Packs, et R-FT167459 après un test Big Y. Un autre Beauregard testé comme R-M269 pourrait descendre d'une autre famille (ce groupe est partagé par environ la moitié des Français). Si c'est P312, le nombre est beaucoup moindre, et si c'est ZZ12, la probabilité qu'il y ait eu une adoption en cours de route devient assez faible. Avec Y7363, on réduit encore le nombre de possibilités, qui ici peuvent comprendre les Pagé dit Quercy.

Résultats chez FTDNA

Profil

Ce laboratoire regroupe les résultats des tests ADN Y dans trois sections du profil personnel (Dashboard).

En marge droite, sous le nom des projets, se trouvent les haplogroupes suggérés ou vérifiés, l'ADN Y (pour les hommes) étant placé du côté gauche et l'ADNmt à droite.

Occupant les ¾ de la largeur de la page, les résultats sont regroupés par blocs, dont YDNA et Big Y le cas échéant.

En haut, à droite, sous un premier lien "Add Ons & Upgrades", une publicité vous invite à approfondir vos résultats avec un ensemble de tests Y SNP (dont les SNP Packs), ainsi que les autres tests ADN disponibles, y compris les tests médicaux. Le 2e lien indique les notifications dans les différents projets utilisés. Suit un panier pour commander des tests ADN Y, MT ou le Family Finder.

Voyons cela de plus près.

Les correspondances ADN Y

Y Match

Dans la section YDNA, le lien « Y-DNA Matches » permet de connaître les correspondances de votre ADN Y parmi les autres participants du site. Cela donne un 2e tableau.

Ce tableau représente les résultats qui sont les plus près de vos propres résultats. Par défaut, les résultats sont classés du plus semblable (ou avec la différence la plus faible). L'ordre peut être modifié (« Sort by ») mas pour avoir l'ordre alphabétique, il faut passer par l'autre affichage (« Table View »). Les colonnes sont:

Plus le nombre de marqueurs est petit, plus il y a de résultats, pour la simple raison que plus de gens se font testés avec moins de marqueurs.

On voit trois icônes à la fin de la ligne: un lien vers l'arbre généalogique du client, une case pour une note, une prédiction sur le nombre de générations vers l'ancêtre commun.

On peut cliquer sur le nom du client pour d'autres détails et une image (« Family Finder ») apparaît si le client a fait ce test.

Si le nom de famille est différent, plusieurs cas sont possibles dont les suivants :

La recherche de correspondants se fait uniquement à partir des résultats STR. Si votre test ADN a été fait par un autre laboratoire à partir des résultats SNP seulement, vous ne pouvez pas utiliser cette fonctionnalité de FTDNA. Si le nombre de marqueurs STR est différent, il était possible autrefois d'importer vos données, et il fallait payer pour voir comment vos résultats se comparaient. Le plus simple est de contacter la personne gérant un projet et de lui faire parvenir vos résultats bruts et votre lignée généalogique dans un tel cas.

Données brutes

Les données YSTR de votre test sont disponibles sous le lien « See More - Y-STR Results ». Il s'agit surtout d'un tableau comme le suivant :

STR

Vous n'avez pas besoin de savoir à quoi cela correspond. Chaque marqueur est identifié et FTDNA compare les valeurs correspondantes pour chaque bloc de résultats Un marqueur peut changer entre un père et son fils. En fait. ces valeurs sont des dérives d'une valeur plus ancienne. Cette dérive peut se faire dans un sens comme dans l'autre. Il est donc possible (et fréquent) que 2 familles indépendantes se retrouvent avec des valeurs semblables.

Le tableau est divisé en panneaux qui correspondent aux différentes formes des tests offerts par FTDNA. Ainsi, le panneau 1 contient les 12 premiers marqueurs. Le panneau 2 montre les 13 suivants, pour un total de 25 pour le 2e test disponible.

La situation avec les SNP est différente. Ce sont des mutations hiérarchisées. Si vous cliquez sur le lien montrant votre haplogroupe, en marge droite de la page, vous aurez la liste des SNP disponibles, avec leur position hiérarchique, sous la forme d'un arbre phylogénétique (haplotree Y). Si vous n'avez pas fait de test SNP, vous aurez les tests individuels disponibles pour votre haplogroupe prédit. La liste est très longue. C'est pourquoi FTDNA offre des blocs de tests (SNP Packs) regroupant ce qu'on a parfois trouvé en fonction des tests effectués chez les autres clients. Il est aussi possible de faire un test plus complet appelé Big Y.

Faut-il privilégier l'un ou l'autre? À l'été 2017, FTDNA a réduit le prix du Big Y à 395$US alors que les blocs de tests sont offerts à 99$ ou 119$. Le côté commercial est toutefois important ici et la sélection des tests semble faite pour maximiser les coûts. Par exemple, dans l'haplogroupe R-M269, on a identifié les principales branches de la famille. Au lieu de cibler ces principales branches, les blocs ne permettent d'avancer que très peu. Pour l'auteur, la séquence est la suivante :

Lors d'un test Geno2, le SNP déterminé était le L151. Le 1er test offert par FTDNA est le M343/M269, qui remonte d'environ 10 SNP en amont de L151. Il permet de trouver 2 autres SNP, P311 et P312.

Le 2e test part de P312 pour atteindre DF27 et ZZ12. Un 3e test est offert à partir de DF27 et mènerait probablement à Y7363. Ces 3 tests coûtent environ 340$. Le Big Y couvre plus de SNP et était en spécial à 395$. On voit donc que ces blocs de test sont trop dispendieux si le but est de trouver le SNP le plus récent (celui qui pourrait par exemple identifier une famille) et qu'il est préférable d'attendre une vente. D'ailleurs, si on examine un tableau des principaux SNP de l'haplogroupe R-M269, on voit qu'on pourrait mieux cibler les principaux groupes avec 2 tests, soit en visant les groupes les plus communs, puis en détaillant à partir de ces groupes.

L'identification des SNP peut varier selon le laboratoire. Si on examine par exemple les données du document ISOGG Hg R, on verra que R équivaut à M207/Page37/UTY2 suivi d'un grand nombre d'équivalents. M207, Page37 et UTY2 sont des SNP équivalents dans des laboratoires différents (ou définis par des laboratoires différents). Les autres éléments de la ligne sont d'autres SNP dont la présence indique aussi l'haplogroupe R. Il est donc possible que si vous faites un test Big Y, votre nouveau SNP terminal soit particulier à FTDNA et non décrit ou défini autrement par les autres labos (comme YSEQ ou 23andMe) ou sites de référence (comme YFull ou ISOGG).

Les couleurs

Si vous regardez le tableau des résultats, vous verrez que les titres des STR sont de couleur différente. La couleur identifie la vitesse de mutation ou la probabilité que ce STR en particulier change plus rapidement. Le lien suivant explique quelles sont les couleurs qui changent le plus vite ou le moins vite. familytreedna.com/learn/project-administration/gap-reference/colors-y-dna-results-chart-heading/

Et les autres laboratoires?

D'autres laboratoires offrent aussi des tests ADN Y. Le but étant de trouver la signature de l'ancêtre, il est préférable d'utiliser la base de données avec le plus de tests déjà faits, afin de trouver des cousins éloignés pour pouvoir effectuer une triangulation. C'est pourquoi il est préférable d'aller vers FTDNA.

Quelles sont les conséquences si on a utilisé un autre labo? Tout d'abord, si on veut utiliser la base de données de comparaison, il faut des données comparables. Les autres labos utilisant les marqueurs STR peuvent avoir des marqueurs différents et un nombre de marqueurs aussi différent. La comparaison à la main est possible si deux personnes sont testées chez des labos différents. Les noms des marqueurs sont normalisés. L'importation de données chez FTDNA est aussi possible sans avoir toutes les fonctionnalités (bien que les administrateurs d'un projet puissent parfois avoir d'autres outils).

Si on veut réduire les coûts, par exemple pour une association de famille voulant faire tester un grand nombre d'adhérents, la meilleure stratégie serait alors de déterminer une signature de référence (trianguler à partir de deux fils de l'ancêtre), puis faire un test Big Y (quand il est en vente) pour déterminer le SNP terminal le plus récent, et enfin, utiliser un autre labo pour rechercher uniquement ce SNP terminal. YSEQ offre un tel produit et comme leur clientèle est plus petite, les résultats sont disponibles plus rapidement.

Les tests Geno1 et Geno2 sont des projets terminés. Le test Geno 1 est l'équivalent du Y-12 mentionné plus haut, ou du HVR1 discuté dans la page sur l'ADNmt. Le test Geno2 comprend un ensemble de SNP, ce qui permet de prédire un haplogroupe, mais pas les STR. Même si on importe les données chez FTDNA, on ne pourra pas faire la comparaison avec les autres testés.

Régionalismes

Les origines rattachées à la première lettre de l'ADN Y sont indépendantes de celles de l'ADNmt. Quand on regarde une carte indiquant par exemple les régions où tel haplogroupe est plus commun, il faut vérifier s'il s'agit d'ADN Y ou d'ADNmt.

Une loi française interdit les tests d'ADN en France dans un contexte de loisirs. Toutefois, elle n'empêche pas les tests à l'étranger. Beaucoup ne s'occupent pas de cette loi (en 2022, on ne connaît pas de cas de poursuite) et se font tester quand même, mais les triangulations internationales sont encore rares.

En fait, ce que la loi française interdit, ce sont: les tests faits sans le consentement de la personne testée, les tests faits en France et la vente libre de tests de paternité.

L'ADN Y amérindien n'est pas complètement identifié en 2017. On reconnaît comme amérindiens certains haplogroupes précis (P-M45, C-P39 et Q1a). Le cas des R-M269 est encore incertain. Comme il s'agit aussi du groupe commun dans l'ouest de la France, au Royaume-Uni et en Irlande, on ne sait pas encore s'il s'agit d'un résultat de la trop grande hospitalité des Amérindiens au début de la colonisation ou encore d'Européens ayant traversé avant la découverte officielle des Amériques. Pour le moment, aucun test parmi ceux que l'auteur peut consulter ne permet de trancher la question. En d'autres mots, l'auteur n'a pas encore vu de lignée amérindienne reconnue ayant une signature R-M269 parmi les résultats disponibles chez FTDNA. Par contre, il existe des résultats R beaucoup plus anciens que R1a ou R1b-M269, et il s'agit alors d'un SNP qui s'est formé en Asie et non en Europe.

Par ailleurs, la lettre ne suffit pas à confirmer l'origine autochtone. Une lignée de Cyr venant de France est identifiée comme étant C-M216. Un test plus précis a confirmé que la mutation P39 n'était pas trouvée dans cette famille. Il s'agit donc d'une lignée masculine partie de Sibérie vers l'ouest.